正壓潔凈室是目前保證食品加工環境安全的重要方式之一，由于本身不具備殺菌功能，且只能通過控制塵埃的方式降低微生物含量。只要開機運行，其“二次污染源”將逐一顯現，如空調表冷器、管道內壁、空氣過濾器等滋生繁衍細菌，需要注意如下幾點：
1、潔凈室污染80％源自作業人員，需要制定嚴格的作業規范，若能使作業人員依潔凈室管理辦法確實執行管理，而所有人員也均配合實施，則污染源的產生可說已減少大半。
2、進入潔凈室員工，必須要具備有達成高潔凈度標準，并要維持狀態的觀念。
3、員工進入潔凈室數目以維持zui小限度為原則（愈小愈好），并須依潔凈室進出標準流程進出潔凈室。出則相反方向進行，唯不須經緩沖通道或風淋室脫塵處理。
4、對潔凈室的空調系統及通風系統內安裝動態殺菌組件，同凈化機組同步殺菌使用，等同于把整個潔凈室變成大型的空氣動態殺菌機，整個空氣都在循環殺菌，即使因各種原因滋生的細菌，很快會被循環風帶走殺滅，漸入良性循環，使得整個潔凈室保持無菌狀態。通過合理地使用風淋室，在做好外部污染控制的同時，做好潔凈室內部的清理工作，即能控制大部分潔凈室的染源。